PackMol, construcción de modelos moleculares para simulaciones

PackMol es un programa de modelado molecular que permite crear un punto inicial para simulaciones de dinámicas empaquetando moléculas en regiones definidas del espacio, con la garantía de que las acciones repulsivas de corto alcance no las interrumpan.

Compatible con archivos de entrada de formatos PDB, TINKER, XYZ y MOLDY, el usuario de PackMol solo debe proporcionar las coordenadas de una molécula de cada tipo, su número y las restricciones espaciales que cada tipo de molécula debe satisfacer.

Con hasta trece tipos de restricciones diferentes es posible construir configuraciones de inicio complejas. Las moléculas (o algunos átomos dentro de ellas) pueden colocarse dentro o fuera de cubos, cajas, esferas, elipsoides, cilindros, sobre o debajo de los planos o pueden fijarse en una posición específica.

Modelo moléculas hecho con PackMol

Este modelo de una "bicapa lipídica (agua por encima y por debajo)" consta de unos 7200 átomos y 1100 moleculas, con 6600 variables utilizadas y tomó en PackMol unos 26 segundos.

Autor:
Leandro Martínez

Instituto de Química de

Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP

Sitio Web:
iqm.unicamp.br

Código fuente:
GitHub

Sistema operativo:
UNIX y UNIX Like

Tipo de procesadores:
x86, x86-64

Licencia:
Libre (GPU)

Base de usuarios:

  • Estudiantes universitarios.
  • Investigadores

Aplicaciones:

  • Modelado molecular.
  • Modelado atómico.
  • Simulación molecular.
Descarge el Tarball de oficial aquí

PackMol se distribuye con una licencia libre por lo que su código fuente está disponible para que los usuario y otros desarrolladores lo modifiquen, corrija o amplíen, de acuerdo a sus necesidades.

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